以下是高新技術企業認定管理工作指引的一些主要方面等內容（以通常包含的要點為例，不同地區可能會結合實際有細節差異等情況） ：
一、認定機構及職責
（通常）由科技部、財政部、稅務總局組成全國高新技術企業認定管理工作領導小組，領導小組下設辦公室（設在科技部火炬高技術產業開發中心）。省、自治區、直轄市、計劃單列市科技行政管理部門同本級財政部門、稅務部門組成本地區高新技術企業認定管理機構，認定機構下設辦公室（設在省級、計劃單列市科技行政主管部門） ，負責處理日常工作。
二、認定程序
1. 自我評價：企業對照《高新技術企業認定管理辦法》（以下簡稱《認定辦法》）第十條進行自我評價。
2. 注冊登記：企業登錄“高新技術企業認定管理工作網”，按要求填寫《企業注冊登記表》，并通過網絡系統上傳至認定機構完成身份確認獲得用戶名和密碼。
3. 準備并提交材料：企業根據用戶名和密碼進入網上認定管理系統提交以下材料：
《高新技術企業認定申請書》；
企業營業執照副本、稅務登記證書（復印件）；
經具有資質并符合條件的中介機構鑒證的企業近三個會計年度研究開發費用（實際年限不足三年的按實際經營年限）、近一個會計年度高新技術產品（服務）收入專項審計報告；
經具有資質的中介機構鑒證的企業近三個會計年度的財務報表（含資產負債表、利潤及利潤分配表、現金流量表，實際年限不足三年的按實際經營年限）；
技術創新活動證明材料，包括知識產權證書、獨占許可協議、生產批文，新產品或新技術證明（查新）材料、產品質量檢驗報告，省級（含計劃單列市）以上科技計劃立項證明，以及其他相關證明材料。
4. 組織審查與認定
認定機構收到企業申請材料后，按技術領域從專家庫中隨機抽取不少于5名相關專家，并將電子材料（隱去企業身份信息）通過網絡工作系統分發給所選專家。
認定機構收到專家的評價意見和中介機構的專項審計報告后，對申請企業提出認定意見，并確定高新技術企業認定名單。應在收到企業申請材料后60個工作日內完成。
5. 公示及頒發證書：經認定的高新技術企業，在“高新技術企業認定管理工作網”上公示15個工作日。公示有異議的，由認定機構對有關問題進行查實處理，屬實的應取消高新技術企業資格；公示無異議的，填寫高新技術企業認定機構審批備案匯總表，報領導小組辦公室備案后，在“高新技術企業認定管理工作網”上公告認定結果，并由認定機構頒發“高新技術企業證書”（加蓋科技、財政、稅務部門公章） 。高新技術企業資格自頒發證書之日起生效，有效期為三年。
三、高新復審程序
1. 高新技術企業資格期滿前三個月內企業應提出復審申請 ，不提出復審申請或復審不合格的，其高新技術企業資格到期自動失效。
2. 高新技術企業復審須提交近三個會計年度開展研究開發等技術創新活動的報告，經具有資質并符合本《工作指引》相關條件的中介機構出具的近三個會計年度企業研究與開發費用、近一個會計年度高新技術產品（服務）收入專項審計報告。復審時應對照《認定辦法》第十條進行審查，重點審查第（四）款。對符合條件的企業，按照第十一條（四）款進行公示與備案，并由認定機構重新頒發“高新技術企業證書”（加蓋科技、財政、稅務部門公章）。通過復審的高新技術企業資格自頒發“高新技術企業證書”之日起有效期為三年。有效期滿后，企業再次提出認定申請的，按初次申請辦理。
四、中介機構相關
中介機構的職責
接受企業委托，依據《認定辦法》和《工作指引》客觀公正地對企業的研究開發費用和高新技術產品（服務）收入進行專項審計，出具審計報告。
中介機構應據實出具專項審計報告，發現有弄虛作假等行為的，取消其參與認定工作資格，并在“高新技術企業認定管理工作網”上公告。
五、專家相關
1. 專家條件
具有中華人民共和國公民資格，在中國大陸境內居住和工作；
具有高級技術職稱，并具有《重點領域》內相關專業背景和實踐經驗，對該技術領域的發展及市場狀況有較全面的了解；
具有良好的職業道德，堅持原則，辦事公正；
了解國家科技、經濟及產業政策，熟悉高新技術企業認定工作有關要求。
2. 專家庫及專家選取辦法
專家庫內的專家應具備《重點領域》內相關技術專長。應結合當地實際情況，在相關技術領域內熟悉子領域技術的專家數量不少于評審所需專家的5倍。
建立專家聘任制度，專家庫內的專家實行動態管理，并由認定機構將專家備案表統一報領導小組辦公室備案。
認定機構根據企業主營產品（服務）所屬技術領域，隨機抽取該領域專家開展認定工作。
3. 專家職責
審查企業申報的研究開發項目是否符合《認定辦法》及《工作指引》的要求。
按照獨立公正的原則對企業的研究開發活動情況、核心自主知識產權及主營業務等進行評價，并填寫《高新技術企業認定專家評價表》，按要求上傳給認定機構。
填寫《高新技術企業認定專家組綜合評價表》，按要求上傳給認定機構，為認定機構提供咨詢意見。
4. 專家紀律
應按照《認定辦法》、《工作指引》的要求，獨立、客觀、公正地對企業進行評價。
不得壓制不同觀點和其他專家意見，不得做出與客觀事實不符的評價。
不得披露、使用申請企業的技術經濟信息和商業秘密，不得復制保留或向他人擴散評審材料，不得泄露評審結果。
不得利用其特殊身份和影響，采取非正常手段為申請企業認定提供便利。
未經認定機構許可不得擅自進入企業調查。
不得收受申請企業給予的任何好處和利益。
六、費用歸集測度
企業研究開發費用強度是高新技術企業認定中的重要環節之一。企業須按規定如實填報研究開發活動（項目）情況表；同時企業應正確歸集研發經費，由具有資質并符合本《工作指引》相關條件的中介機構進行專項審計。
1. 研究開發活動的確認
研究開發活動定義為獲得科學與技術（不包括人文、社會科學）新知識，創造性運用科學技術新知識，或實質性改進技術、產品（服務）而持續進行的具有明確目標的活動。
判斷依據和方法有行業標準判斷法、專家判斷法、目標或結果判定法（輔助標準） 等。
2. 研發費用的歸集：包括人員人工、直接投入、折舊費用與長期待攤費用、設計費用、裝備調試費、無形資產攤銷、委托外部研究開發費用、其他費用等方面的歸集要求和核算規定等。
3. 高新技術產品（服務）收入：明確高新技術產品（服務）收入的定義和范圍等。


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