因為一些企業對ISO體系的了解并不多，所以想法多是越大的地方機構就越正規。就比如一家武漢企業，要找北京的認證機構來進行體系認證。這樣當然也可以，但一些方面還是不如本地的機構方便，比如多支付一些差旅費等。
體系認證的公司都是很正規的，正規的認證機構及其所委派的審核組成員，都在認監委有備案，可以在認監委網站(http://cx.cnca.cn/CertECloud/index/index/page)上查詢到該認證機構及審核員的信息。
企業要做環境管理體系認證的話，需要先在公司內部運行3個月以上該體系，之后向認證機構提出認證申請。企業通過認證機構的審核并完成整改，取得認證證書后，不論是哪家認證機構頒發的證書，其在國內是通用的，因此，環境管理體系可以尋找外地的審核機構進行認證。
區別在于，有些認證機構通過了CNAS(中國合格評定國家認可委員會)的認可，所頒發的證書上會加蓋CNAS章，該證書在國際上也是受到認可的，但是比起未通過CNAS認可的機構，其收取的認證費也會相應高一些。
目前，市場上有許多從事系統認證的評級和認證機構。有好有壞。企業在申請ISO體系認證時應注意什么?如何選擇正式可靠的評級和認證機構?
可以參考以下幾個方面：
1、認證機構的資格
無論是國內外的認證機構，境內經營的認證機構，其資格和認證狀態均需向國家認證認可監督委員會備案。
2、審查小組的水平
例如，審核員的入職要求和行業要求是什么?例如，某些組織要求審核員必須擁有60多名專業人員，并且審核員必須具有5-10年的行業經驗，并且熟悉行業和認證程序。現在，市場上許多認證機構聘用了大量的兼職審計師以控制成本，因此很難控制審計師的資格，專業水平和職業道德。
3、認證機構的審核服務，聲譽和品牌
由于管理系統的快速發展和新管理系統標準的出現，公司在選擇時應考慮其未來需求，并且所選組織應能夠對不同系統進行多次審核。認證機構的聲譽和品牌也非常重要。許多公司已將“是否通過認證”的要求更改為“由哪個認證機構認證”
4、認證機構的行業優勢
每個認證機構都有其優勢產業。在某種程度上，這方面可以解釋認證機構在該行業的審核經驗以及審核員的水平;認證機構優勢行業的客戶群也可以反映出認證機構的行業地位。
5、認證客戶的整體素質
經代理商認證的客戶在很大程度上反映了代理商的水平和定位。通常，認證機構將發布通過認證的客戶列表。
6、是否有違規行為
認證行業與其他商業運營完全不同。認證有很多要求和標準，其中大多數是原則性問題。基于商業或市場考慮，無法減少或更改要求。例如，ISO9000審核中明確規定，審核工時數是根據企業規模確定的，不能隨意增加或減少。但是，為了獲得更多的成本優勢，某些認證機構將10人日所需的審核次數減少到2或3人日，這嚴重違反了認證規則。


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