近年來，國家高新技術企業認定后的監管越來越嚴格。認定的企業，代辦的機構以及評審專家等都會被納入重點檢查對象。“假高新”、“偽高新”稅務風險終將持續暴露，通過財務造假、材料造假，拼湊起來的“假高新、“偽高新””企業，將面臨各種稅務風險。
在高新技術企業認定管理工作網站上，可以看到每個月都會有多家高新技術企業被取消，一旦企業高新的資格被取消，勢必會給企業帶來多方面的損失：
一、補稅+滯納金
根據《高新技術企業認定管理辦法》，企業的高新資格被撤銷，以前年度享受的優惠將會被要求補稅，并且按日加收萬分之五的滯納金。
二、影響下一次申請認定高新
修改后的《高新技術企業認定管理辦法》雖然刪除了“被取消高新技術企業資格的企業，認定機構在5年內不再受理該企業的認定申請”的規定，但也可以預想，未來再度申請將會面臨嚴格的審查和和監管。
三、影響公司聲譽，尤其是上市公司
高新資格對于公司的聲譽、品牌、核心競爭力和業績而言具有特別的意義。如上市公司若被取消高新技術資格發布重大補稅公告，將導致股價下跌。
四、滿足以下情況之一的，都會取消高新資格：
1.在申請認定過程中存在嚴重弄虛作假行為的；
2.發生重大安全、重大質量事故或有嚴重環境違法行為的；
3.未按期報告與認定條件有關重大變化情況，或累計兩年未填報年度發展情況報表的；
認定機構發現已認定的高新技術企業有以上情形的，會通知稅務機關。稅務機關按《稅收征管法》及有關規定，追繳其自發生上述行為之日所屬年度起已享受的高新技術企業稅收優惠。
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