以下是研發加計扣除中不能扣除的事項：
1. 企業主體相關：
非居民企業：非居民企業不能享受研發費用加計扣除政策。非居民企業是指依照外國（地區）法律成立且實際管理機構不在中國境內，但在中國境內設立機構、場所的，或者在中國境內未設立機構、場所，但有來源于中國境內所得的企業。
核定征收企業：實行核定征收企業所得稅的企業，由于其財務核算不健全，不能準確核算研發費用，所以不能享受研發費用加計扣除政策。
2. 行業限制：
煙草制造業、住宿和餐飲業、批發和零售業、房地產業、租賃和商務服務業、娛樂業以及財政部和國家稅務總局規定的其他行業，這些行業的主營業務企業不能享受研發費用加計扣除政策。此類行業通常并非以科技創新為主要業務方向，因此被排除在政策范圍之外。
3. 研發活動類型限制：
企業產品（服務）的常規性升級：例如對現有產品功能的簡單擴展、外觀的常規改進等常規性的升級活動，不屬于為了獲得科學與技術新知識、創造性運用科學技術新知識或實質性改進技術、產品（服務）、工藝而進行的研發活動，所以相關費用不能加計扣除。
對某項科研成果的直接應用：直接采用公開的新工藝、材料、裝置、產品、服務或知識等科研成果，沒有進行進一步的研發和創新，只是簡單地應用已有的成果，這種情況下的相關費用不可以加計扣除。
企業在商品化后為顧客提供的技術支持活動：產品或服務已經商業化后，為滿足客戶使用過程中的技術支持需求所進行的活動，主要目的是保障產品或服務的正常使用，而非進行新的研發創新，所以這類活動的相關費用不能加計扣除。
對現存產品、服務、技術、材料或工藝流程進行的重復或簡單改變：例如對生產工藝的小幅度調整、材料的常規替換等，沒有實質性的技術改進和創新，相關費用不符合加計扣除的要求。
市場調查研究、效率調查或管理研究：這些活動主要是為了了解市場情況、提高企業運營效率或進行管理方面的優化，與科學技術的研發創新沒有直接關系，因此相關費用不能加計扣除。
社會科學、藝術或人文學方面的研究：這些領域的研究通常不涉及科學技術領域的創新和改進，不屬于研發費用加計扣除政策所支持的范圍。
4. 費用歸集與核算問題：
研發費用和生產經營費用未分別核算，劃分不清的：企業應準確、合理地歸集各項費用支出，將研發費用與生產經營費用分別核算。如果無法清晰劃分兩者的費用，那么不能享受研發費用加計扣除政策。
企業研發費用各項目的實際發生額歸集不準確、匯總額計算不準確的：稅務機關有權對其稅前扣除額或加計扣除額進行合理調整，若存在嚴重的不準確情況，可能導致相關費用不能加計扣除。
5. 委托研發相關限制：
委托境外個人研發：企業委托境外個人進行的研發活動所發生的費用不能加計扣除。
受托研發方：受托方不得對委托方委托的研發費用進行加計扣除。


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