一、領域方面
國家重點支持的高新技術領域(八大領域)
電子信息、生物與新醫藥、航空航天、新材料、高技術服務、新能源與節能、資源與環境、先進制造與自動化。
二、知識產權技術含量不高
實用新型專利從申請到授權大概：5-8個月左右，發明專利從申請到授權大概：26-38個月左右。大多數知識產權數量不夠，又急于申請高企的企業想保證“擁有自主知識產權”項加分最快捷的辦法就是選擇軟著申請。
企業僅為了申報高企而申請軟著，知產關聯性低，這就導致企業知識產權評分不高。
三、企業不清楚核心指標
專家在進行高企認定評審時，注重對企業創新能力的評價，包括企業知識產權（30分）、科技成果轉化能力（30分）、研究開發組織管理水平（20分）、企業的成長性（20分），四項指標滿分為100分，綜合得分達到71分及以上為符合認定要求。
四、科技成果單一，關聯性差
新的工作指引對科技成果轉化形式進行了多樣化，豐富了企業將研發的技術成果進行產業化的方式，并要求年平均轉化5項以上。
注：、每年轉化5項以上;同一科技成果分別在國內外轉化的，只計為一項;同一科技成果轉化為多個產品、服務、工藝、樣品、樣機等的，只計為一項。
五、財務核算不規范
財務核算不規范是很多企業高企認定失敗的主要原因，常見問題有：研發費用含無形資產攤銷金額而財務報表中無形資產、會計報表沒有研發核算、多個研發項目的研發經費雷同、研發費用大于管理費用等。
六、企業人員資質
新的高企認定辦法在人員方面降低了要求，將科技人員與研發人員統稱為科技人員，比例要求統一為10%，取消了大專以上的學歷的限制，這些調整為企業處理人員問題提供了有利條件。


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