這里需要注意的是，高新技術企業認定程序相較于以前發生了以下幾點變化：
1.高新技術企業資格認定不再設有復審環節；
2.申請高新技術認定的企業，提交的申請資料中新增“近一個會計年度高新技術產品《服務)收入專項審計或鑒證報告”以及“近三個會計年度企業所得稅年度納稅申報表”;
3.審查認定的公示時間由15個工作日減少至10個工作日，提高行政效率；
4.明確高新技術企業的自主報告事項：
(1)企業獲得高新技術企業資格后，應于每年5月底前在“高新技術企業認定管理工作網”填報上一年度知識產權、科技人員、研發費用、經營收入等年度發展情況報表；
(2)高新技術企業發生更名或與認定條件有關的重大變化 (如分立、合并重組以及經營業務發生變化等)應在三個月內向認定機構報告。172號文件曾規定發生上述情況時，需于15日內向認定機構報告，32號文件報告時限放寬,更有利于納稅人；
(3)新增“未按期報告與認定條件有關重大變化情況，或累計兩年未填報年度發展情況報表的，將被取消高新資格。”
5.新增高新技術企業跨認定機構管理區域搬遷時，高新資格的延續問題：
(1)企業于高新資格有效期內完成整體遷移的，資格繼續有效；
(2)企業部分撤遷的，由遷入地認定機構重新認定；
(3)企業超過高新資格有效期進行整體遷移，32號文件對相關資格延續問題未子明確，實際操作中，應由遷入地認定機構重新進行高新資格認定。
6.企業存在偷、騙稅行為的，不再作為取消高新技術資格的情形之一。
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